Универзитетот ги формира следниве постојани комисии:
- Комисија за настава и обезбедување квалитет,
- Комисија за наука и меѓународна соработка,
- Комисија за материјално-финансиски работи и инвестиции,
- Комисија за издавачка дејност,
- Комисија за нормативно-правни работи,
- Комисија за студентски работи,
- Комисија за информатички и комуникациски технологии.
Во рамки на Универзитетот функционира и Комисија за самоевалуација.