Универзитетот ги формира следниве постојани комисии:

  1. Комисија за настава и обезбедување квалитет,
  2. Комисија за наука и меѓународна соработка,
  3. Комисија за материјално-финансиски работи и инвестиции,
  4. Комисија за издавачка дејност,
  5. Комисија за нормативно-правни работи,
  6. Комисија за студентски работи,
  7. Комисија за информатички и комуникациски технологии.

Во рамки на Универзитетот функционира и Комисија за самоевалуација.